НКО - оно все-таки отдельная организация. Вы не можете рулить ею напрямую, как своими подчиненными. Можете только пользоваться разными косвенными рычагами влияния, и то с опозданием. Управляемость однозначно ухудшается. И расходы увеличиваются. У них же свой директор, главный бухгалтер, и все такое. Если расходы оставить такими же, то они в НКО сильно снизят зарплаты рядовым сотрудникам, с соответствующим падением качества работы. Та же самая ситуация, что и с аутсорсингом. Он имеет смысл, когда за него берется какая-то крупная фирма, у которой вы не единственный клиент. Например, выгоднее раз в месяц на три часа приглашать программиста 1С, пусть даже его часы работы стоят дорого, чем целый месяц держать своего. А если у вас имеется свое специфическое ПО, то аутсорсинг будет неудобен и намного более затратен.